Die Abberufung des Geschäftsführers ist häufig Kernthema eines Gesellschafterstreits. Grundsätzlich kann die Gesellschafterversammlung Geschäftsführer jederzeit aus ihrem Amt abberufen. Bei Gesellschafter-Geschäftsführern kann ihre Organstellung auch gesellschaftsvertraglich abgesichert sein. Dann ist allenfalls eine Abberufung aus wichtigem Grund möglich. Die Beendigung des Anstellungsverhältnisses ist rechtlich von der Abberufung streng zu trennen und richtet sich nach dem Anstellungsvertrag.
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Nach § 38 Abs. 1 GmbHG ist die Abberufung des Geschäftsführers jederzeit zulässig, sofern der Gesellschaftsvertrag nichts anderes bestimmt (§ 38 Abs. 2 GmbHG). Ein wichtiger Grund zur Abberufung liegt vor insbesondere bei groben Pflichtverletzungen, Untreuehandlungen, nachhaltigem Vertrauensverlust oder Unfähigkeit zur ordnungsgemäßen Geschäftsführung. Der betroffene Gesellschafter-Geschäftsführer unterliegt regelmäßig keinem Stimmverbot bei der Abstimmung über seine eigene Abberufung. Die Stimmverbotstatbestände des § 47 Abs. 4 GmbHG gelten insoweit nicht; auch nicht entsprechend, sondern bei sogenannten „Sozialakten" wie der Bestellung und Abberufung von Geschäftsführern darf ein Gesellschafter regelmäßig auch in eigener Sache mitstimmen. Bei einer Abberufung aus wichtigem Grund kann die Stimmberechtigung des Geschäftsführers allerdings entfallen, wenn in seiner Person tatsächlich ein wichtiger Grund vorliegt. Deswegen werden in streitigen Gesellschafterversammlungen über die Abberufung von Geschäftsführern in der Praxis oft divergierende Abstimmungsergebnisse behauptet, die erst in der nachfolgenden Beschlussmängelstreitigkeit geklärt werden.